Запорожская Сечь пишется с большой буквы, поскольку это название конкретного исторического объекта и организации. В русском языке все имена собственные, включая названия географических объектов, организаций, исторических событий и прочих уникальных явлений, пишутся с заглавной буквы.
Запорожская Сечь была важным военно-политическим образованием, существовавшим с XVI по XVIII век на территории современной Украины. Она представляла собой центр украинского казачества и играла значимую роль в истории Восточной Европы. В связи с этим ее название имеет статус имени собственного.
Таким образом, корректное написание будет "Запорожская Сечь".